Tại Sài Gòn trước 1975 có trường Trung học Nguyễn Bá Tòng. Hiện ngôi trường này mang tên là trường Trung học phổ thông Bùi Thị Xuân, tọa lạc tại quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh.[22][23] Tại thành phố này cũng có Nhà in Nguyễn Bá Tòng, sau này trở thành nhà in Nhà máy In Tổng Hợp Thành phố Hồ Chí Minh.[24]

Năm 2018, một cựu tiểu chủng sinh Tiểu chủng viện Sài Gòn là ông Nguyễn Toàn Thắng đã trao tặng bức khảm linh mục đoàn địa phận Phát Diệm dâng tặng giám mục Nguyễn Bá Tòng cho Giám quản Tông Tòa Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh Giuse Đỗ Mạnh Hùng. Bức khảm này đã lưu lạc hàng thập niên ở Pháp và được ông Thắng chuộc về. Giám mục Hùng thay mặt nhận tấm khảm và cho biết sẽ trao lại cho giám mục giáo phận Phát Diệm Giuse Nguyễn Năng.[25]

Tại Thành phố Hồ Chí Minh hiện nay có con đường mang tên Nguyễn Bá Tòng tại Phường Tân Thành, quận Tân Phú.[26]